在接收、储存、加工、包装和运输过程中必须保护有机完整性。许多经过认证的操作可以毫无困难地加工有机和非有机产品。这些操作被称为“混合”操作。混合作业负责在整个生产过程中保护有机成分和产品。这是通过预防来实现的混合有机和非有机成分污染含有违禁消毒剂、加工助剂和害虫防治材料的有机成分。
CCOF的H4.0有机实践表格询问您将如何保护有机完整性的具体问题。这通常是通过单独的存储货架或储藏室、清晰的标识、标签、清洁记录和设施中的其他系统级方法来实现的。有些作业会在两次作业之间进行彻底的清洁或清洗，或者在非有机作业之前进行专门的有机作业。